Auch in der Pathologie und Zellbiologie wird es zum Anfärben bestimmter Tumoren und zur Unterscheidung von Mastzellen in Schleimhaut und Bindegewebe verwendet.
Primordialhyphen sind mehr oder weniger stark mit kristallinen oder tröpfchenartigen Ausscheidungen überkrustete Hyphen, die sich mit Karbolfuchsin gut anfärben lassen.