Der wesentliche Unterschied besteht darin, dass Verwaltungsbehörden weitgehend weisungsgebunden sind, die Gerichtsbarkeit aber durch unabhängige Organe (Richter) erfolgt.
In ihrem Organhandeln (z. B. Kauf von Dienstkleidung) sind sie nicht der zuständigen Verwaltungsbehörde weisungsgebunden, alle Tätigkeiten unterliegen aber der Aufsicht der Behörde.
Bedingung ist, dass die Mitarbeiter ausschließlich weisungsgebunden unter der fachlichen Aufsicht und beruflichen Verantwortung des Beihilfeberaters tätig werden.
Die Verwaltungsleitung übernimmt dabei den größten Teil der Verwaltungsaufgaben des leitenden Pfarrers, dem sie allerdings wiederum direkt unterstellt und damit auch weisungsgebunden ist.