Durch falsche Lagerung von Nahrungsmitteln können sich Mikroorganismen gut vermehren, so dass sie Schadstoffe wie Aflatoxine, Patulin oder Mutterkornalkaloide metabolisieren.
Tiere verstoffwechseln (metabolisieren) bei ihrer Verdauung andere Organismen oder deren Speicherstoffe (etwa Kohlenhydrate, Proteine oder Fette), siehe auch Chemotrophie.