Als jedoch die Ausgrabungen intensiviert wurden, stieß man auf einen vierten minoischen Palast der, im Gegensatz zu den bisherigen, weitestgehend unversehrt und nicht geplündert war.
Die archäologischen Ausgrabungen, die in den Jahren 1969–1970 im Inneren der Kirche durchgeführt wurden, brachten jedoch keine frühchristliche Konstruktion ans Tageslicht.