Im Zuge der Auflösung der irischen Klöster wurde der Konvent 1541 säkularisiert und in ein Kapitel von Säkularkanonikern mit einem Dekan und neun Kanonikern überführt.
Die drei westlichen Siegermächte waren nach einer Übergangszeit jedoch gewillt, ihre Stationierungsrechte aus einem hoheitlichen in ein vertragliches Verhältnis zu überführen.