Dabei wird mit einem mutagenen Primer ein Strang der zirkulären Plasmid-DNA (Template) in einem Thermocycler in mehreren Zyklen linear amplifiziert und ligiert.
Durch eine Veränderung der Sequenz, an die der Primer bindet, kann der entsprechende Abschnitt nicht amplifiziert werden und aus dem Allel wird ein Nullallel.
Durch eine Polymerasekettenreaktion können diese angrenzenden DNA-Sequenzen amplifiziert werden, z. B. für eine Klonierung und eine anschließende Proteinreinigung und Proteincharakterisierung.