Además, la comisión corográfica hizo estudios de botánica, investigaciones sobre la vida y costumbres de los habitantes del país, y observaciones arqueológicas.
Se han encontrado piezas arqueológicas que muestran a la mujer precolombina asumiendo un papel de cacica, sacerdotisa, curandera, guerrera, artesana y madre.
Como es normal en algunos lugares de la fortaleza todavía se hacen catas y excavaciones arqueológicas unidas a trabajos de consolidación de los restos.