Zu den wesentlichen Nachteilen gehören die hohe Energiedichte, die zu Kühlungsproblemen führt, sowie die hohen Drehzahlen, die eine höhere Geräuschentwicklung zur Folge haben.
Zu den Nachteilen gehört auch, dass beim Herausnehmen des Filtermaterials ein Teil des aus dem Wasser gefilterten Drecks wieder in das Becken herabsinkt.
Zu den Nachteilen zählt im Umkehrschluss der Punkt, dass die Paintballkugeln mit höherer Wahrscheinlichkeit und zunehmender Flugdistanz (und dadurch abnehmender Geschwindigkeit) nicht am Gegner aufplatzen.
Zu den Nachteilen einer Diesellokomotive zählen ihre komplexe Antriebsmechanik und die Tatsache, dass sie ihren Energievorrat in Form von Dieselkraftstoff mitführen muss.
Die interdisziplinäre Anwendung der Theorie führt gleichzeitig zu einigen Nachteilen: So mangelt es nach wie vor an Integration und Kumulation verschiedener Forschungserkenntnisse.
Im Einzelfall müssen die Ehegatten jedoch sorgfältig prüfen, ob die Ehegatten-Einzelveranlagung im Bereich des Tarifs zu Nachteilen führt, die die Vorteile des Härteausgleichs übersteigen.