Die Bundesländer verwenden die Einnahmen aus der Jagdabgabe für Naturschutz und Jagdförderung nach den Grundsätzen zur Mittelverwendung der Jagdabgabe.
Auf einer jährlich stattfindenden Betreiberkonferenz wird den beteiligten Einrichtungen Rechenschaft über den Projektfortschritt und die Mittelverwendung gelegt.
Gerade weil keine Gewinnerzielungsabsicht besteht, hat die Kontrolle über die effiziente Mittelverwendung, z. B. bei der Vergabe von Bauaufträgen, nicht dasselbe Ausmaß wie in privaten Unternehmen.
Seitens Vier Pfoten werden Erträge und Mittelverwendung im Jahresbericht, welcher einer Prüfung nach dem Handelsgesetzbuch durch externe Wirtschaftsprüfer unterzogen wird, veröffentlicht.
Wohl wurden immer wieder Klöster beauftragt, die Mittelverwendung zu kontrollieren, als eine der wenigen Institutionen, die dazu überhaupt in der Lage waren.
Bewegungsbilanz und Kapitalflussrechnung kennen die Mittelherkunft und die Mittelverwendung, wobei erstere die Finanzierungsquellen (Passiva) und letztere die Investitionsform dieser Mittel beschreibt.
