Der Schwerpunkt von Friedjungs Arbeit war der Versuch, gerade die neu gewonnenen Erkenntnisse der Psychoanalyse in der Kinderheilkunde nutzbringend zu verwenden.
Außerdem befasste er sich mit Kinderheilkunde (mit dem ersten niederländischen Buch darüber 1688) und veröffentlichte Lexika über Medizin, die weite Verbreitung fanden.