Im kristallinen Zustand, in der Dampfphase und in Lösung liegt Quecksilber(II)-chlorid in Form von kovalent gebundenen, linearen Cl−Hg−Cl-Molekülen vor.
38 Cl ist ein kurzlebiges Isotop mit einer Halbwertszeit von 37 Minuten und kann zum Beispiel durch Neutronenadsorption aus in Meerwasser enthaltenem 37 Cl entstehen.