Bei der Behandlung von bakteriellen Infektionskrankheiten macht man sich den unterschiedlichen Aufbau von eukaryotischen (Mensch) und prokaryotischen Lebewesen (Bakterien) zunutze.
Die Glykokalyx ist eine Schicht an der Außenfläche der Zellmembran bei eukaryotischen und prokaryotischen Zellen, aber auch an der Außenseite der Zellwand bei prokaryotischen Zellen.
Übrig blieben die heute noch vorhandenen Reste des aus einem ringförmigen DNA-Molekül bestehenden prokaryotischen Genoms und Strukturen, die für die Funktion der Organellen wichtig sind.
Man schätzt die Zahl cytosolischer Ribosomen je Zelle auf zwischen 10 5 und über 10 7, womit eukaryotische Zellen mehr Ribosomen besitzen als prokaryotische.
Nach der Endosymbiontentheorie sind einige der Eucyten-Organellen im Verlauf der Stammesgeschichte aus Procyten (prokaryotischen Zellen) hervorgegangen, u. a. die Mitochondrien, die Plastiden und die Hydrogenosomen.
Die Elektroporation wird in der Molekularbiologie häufig zum Transfer von Nukleinsäuren in prokaryotische (Transformation) und eukaryotische (Transfektion) Zellen verwendet.