Die zweite Etappe 2003 bis 2005 hatte die Förderung des Wettbewerbs im Güterverkehr, die Effizienzsteigerung in der Verwaltung und die Verringerung der Quersubventionierung des Personenverkehrs zum Ziel.
Wichtig ist hierbei unter anderem auch, dass eine Quersubventionierung innerhalb eines Unternehmens (klassischerweise bei Stadtwerken, die auch einen Energie-Sektor betreiben), nicht als wettbewerbsverzerrende Beihilfe angesehen wird.
Im Rahmen der Quersubventionierung werden den Monopolbereichen Kosten zugewiesen, die eigentlich in den Wettbewerbsbereichen des verbundenen Unternehmens entstehen.
Die aus dem Windparkbetrieb resultierenden Einnahmen flossen teilweise in den Aufbau der städtischen Infrastruktur oder wurden (und werden) für die Quersubventionierung eingesetzt.
Auch die Einführung kostendeckender Strompreise kommt man nur langsam voran; die Strompreise einiger Kundengruppen werden weiterhin auf Kosten anderer Kundengruppen besonders niedrig gehalten (sogenannte Quersubventionierung).
Charakteristiken von Plattformen sind die Produktion von Netzwerkeffekten, ihre natürliche Tendenz zu Monopolisierung und die Anwendung von Quersubventionierung.