Neben soliden Anteilen zeigt der Tumor häufig schlitzförmige bis mehrere Zentimeter große zystische Strukturen, die mit klarer, schleimiger oder weißlicher bis bräunlicher Flüssigkeit angefüllt sind.
Bis in die 1970er Jahre hinein ist man davon ausgegangen, dass Nephronophthise und die beiden medullär zystischen Nierenerkrankungen (Typ 1+2) die gleiche Krankheit sind.