Diskutiert werden verschiedene Krankheitsbilder, die sich als Spätfolgen einer Adenoviren-Infektion einstellen können, wie beispielsweise die persistierende Bronchiolitis, Gelenkschmerzen, die dilatative Kardiomyopathie oder Hörsturz.
Gelenkschmerzen sind typischerweise morgens und nach längerer Inaktivität stärker („Morgensteife“) und werden durch Bewegung des entzündeten Gelenkes verstärkt.
Weitere Nebenwirkungen können Kopfschmerzen, Müdigkeit, Übelkeit, Sehstörungen, Schüttelfrost, Nesselsucht, Nervenentzündungen, entzündliche Reaktionen des Gehirns sowie Muskel- und Gelenkschmerzen sein (10–20 % der Geimpften).
Gelegentlich kommt es zu Gelenkbeteiligungen mit Gelenkschmerzen und Gelenkentzündungen bevorzugt der kleinen Gelenke, insbesondere bei Mädchen und jungen Frauen.