Wakabayashilit bildet sich vorwiegend in Form feiner Fasern in Quarz-Drusen oder auf Calcit und ist neben diesen noch mit Realgar, Auripigment, Stibnit, Pyrit und vielen anderen Sulfidmineralen vergesellschaftet zu finden.
Erst im 19. Jahrhundert gelang die Herstellung von braunem (Eisenoxid), grünem (Mischung aus Indigo und Malachitpulver) sowie gelbem (Auripigment) Lack.