Dentro de esta categoría están los flagelados, entre los que se destacan los trypanosomas, leishmanías y esporozoarios, los más importantes de los cuales producen la malaria y la toxoplasmosis.
Se ha ensayado la acción de germicidas, de notable poder contra un extraordinario grupo de bacterias, pero frente a esos esporozoarios, no logran ningún efecto inhibidor y menos letal.