During the project, a model of a dopaminergic nerve cell was established with the purpose of identifying Parkinson relevant reaction fluxes in such a cell.
The Systems Biology Markup Language (SBML) was used to define all relevant cell fluxes including the dopamine metabolism and transport, oxidative stress, aggregation of alpha-synuclein, lysosomal and proteasomal degradation, and mitophagy.
For the investigation of the relevant fluxes, several experiments were performed using flux-balance-analysis to determine the strength of each reaction fluxes.
www.ngfn.deDesweiteren wurde im Verlauf dieses Projektes ein Computermodell einer dopaminergen Nervenzelle entwickelt, welches dazu genutzt wurde, um die relevanten Reaktionsflüsse einer an Parkinson erkrankten Zelle zu identifizieren.
Hierfür wurden zunächst die wichtigsten Zellreaktionen mit Hilfe der Modellierungssprache SBML definiert.Dabei wurden insbesondere der Dopaminmetabolismus und -transport, oxidativer Stress, lysosomale und proteasomale Abbauprozesse, sowie die Aggregation von alpha-Synuclein und Mitophagieprozesse modelliert.
Um den Einfluss bestimmter Reaktionen auf die Zelle genauer bestimmen zu können, wurden verschiedene Experimente durchgeführt, um mittels Flussbilanzanlyse die Stärke der Reaktionen unter diesen Bedingungen zu bestimmen.
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