Die Kleine Luzon-Waldmaus bewohnt sekundäre und primäre Tiefland- und Bergwälder sowie gelegentlich moosbedeckte Wälder von Meereshöhe bis in Höhenlagen von 2025 m.
Die Eier werden außerhalb des Wassers, nahe der Wasserlinie, abgelegt, bevorzugt auf der Unterseite von moosbedecktem, ins Gewässer gefallenem Totholz.