Bei Menschen mit Gerinnungsstörungen ist die Eigenbluttherapie kontraindiziert, da es (zum Beispiel während einer Chemotherapie) zu Blutergüssen und Abszessen kommen kann.
Kontraindiziert ist die Anwendung vor allem bei akuten Entzündungen und Traumen, Durchblutungsstörungen, Krampfadern und bei Patienten, die subjektiv eine Kühlung als schmerzlindernd empfinden.