Eine erste randomisierte kontrollierte nicht verblindete niederländisch-finnische Studie musste wegen deutlicher Überlegenheit der Stuhltransplantation vorzeitig abgebrochen werden.
Diese Therapie war bei 13 Patienten (81 %) im ersten Anlauf erfolgreich ohne Rückfall in den ersten zehn Wochen, eine zweite Stuhltransplantation war bei zwei der verbliebenen drei Patienten erfolgreich.
Eine weitere Indikation könnte die Behandlung von Adipositas werden, nachdem in Studien mit Mäusen nachgewiesen werden konnte, dass dicke Mäuse nach Stuhltransplantation von dünnen Mäusen an Gewicht abnahmen.