Die Dünen-Stinkmorchel wächst auf Sandtrockenrasen, in Gebüschen und lichten Kiefernforsten auf kalkhaltigen Flugsanden, wo sie offenbar saprobiontisch lebt.
Besonders auffällig sind die unangenehm riechende Stinkmorchel, die Hundsrute, der Fliegenpilz oder der Tintenfischpilz, der eingeschleppt wurde und sich mittlerweile einen Stammplatz erobert hat.
Die Dünen-Stinkmorchel bildet jung ein kugel- bis eiförmiges 3–7 cm breites Hexenei, das zunächst im Boden sitzt, beim Wachstum aber herausgehoben wird.
