Es gibt sowohl Hunde mit Fehlfarben, die gesund sind, als auch solche, bei denen bestimmte Farbgene durch Polyphänie zu Fehlbildungen oder Erkrankungen führen.
Polyphänie kann ein Problem bei der Erzeugung gentechnisch veränderter Organismen darstellen, denn ein Fremdgen kann unter Umständen zu dem gewünschten Merkmal noch weitere Effekte im Empfängerorganismus hervorrufen.