Im Ertragsteuerrecht,d. h. bei der Einkommensteuer, der Körperschaftsteuer und der Gewerbesteuer erfüllt die Scheinrechnung den Zweck den Gewinn bzw. Gewerbeertrag zu mindern und dadurch eine geringere Besteuerung zu erzielen.
So wird der Gewerbeertrag beispielsweise um einen Teil des Einheitswerts von betrieblichen Grundstücken gekürzt, da diese bereits der Grundsteuer unterliegen.
Da die verschiedenen Organgesellschaften wie Betriebsstätten behandelt werden, wird der gesamte Gewerbeertrag des Organkreises im Wesentlichen nach Lohnsumme auf die einzelnen Gemeinden verteilt.
Hierzu wird für gewerbesteuerliche Zwecke ein Gewerbeertrag ermittelt, welcher regelmäßig in einem Gewerbesteuermessbetrag in Höhe von 3,5 % des Gewerbeertrags mündet.
Hat ein Unternehmen mehr als eine Betriebsstätte, so ist der Gewerbeertrag zu zerlegen, so dass jeder Belegenheitsgemeinde ein Teil des Gewerbesteueraufkommens zusteht.