Zahnstein entsteht durch Einlagerung anorganischer Stoffe (vor allem Calcium- und Phosphatverbindungen) aus dem Speichel in den Zahnbelag (weicher Zahnbelag).
Hierzu passt der Befund, dass im Zahnstein versteinerte Überreste von Baumrinde nachweisbar waren, sogenannte Phytolithe (insgesamt 38), die erstmals bei einem frühen Vormenschen untersucht wurden.
In vielen Fällen lässt – aus unterschiedlichen Gründen – während einer Schwangerschaft die Mundhygiene nach, so dass sich unter anderem vermehrt Zahnstein bilden kann.