1936 wurde die inzwischen im ganzen Reichsgebiet tätige Gestapo mit der Kriminalpolizei in der Sicherheitspolizei vereinigt und ging 1939 im Reichssicherheitshauptamt auf.
Das Reichssicherheitshauptamt erlangte dadurch das Vermögen der Deportierten für das Parteivermögen, ohne die dafür zugesagten Leistungen erbracht zu haben.
Sie verlor im Laufe der nächsten drei Jahre immer mehr an eigenen Handlungsmöglichkeiten und wirkte wie ein verlängerter Arm des Reichssicherheitshauptamtes.
In Zusammenarbeit mit dem Reichssicherheitshauptamt, das die Fahndungslisten und die standgerichtlichen Urteile erstellte, wurden Personen gefangen genommen.
Das Judenreferat im Reichssicherheitshauptamt versuchte, die innerhalb des Reiches strittige Entscheidungsfindung zu beeinflussen, indem es auch in den westlichen Besatzungsgebieten Fakten schuf.
Dass er auch als Kontaktperson der anthroposophische Bewegung fungiert hatte, machte ihn in den Augen des Reichssicherheitshauptamtes verdächtig, das ihn 1941 zeitweise überwachen ließ.
Im Reichssicherheitshauptamt wurde zwischen interner und externer Bezeichnung unterschieden – intern verwendete man die Bezeichnung Jugendkonzentrationslager, was auch der organisatorischen Unterstellung entsprach.