Weitere Nagetiere auf dem Pfaffenstein sind diverse Mäusearten (Brandmaus, Gelbhalsmaus, Waldmaus, Schermaus, Feldmaus, Erdmaus, Rötelmaus) und Eichhörnchen.
Da sich die Rötelmaus im Winter auch von Baumrinden ernährt und dabei Buchen, Ahorne und Lärchen bis in mehrere Meter Höhe entrindet, gilt sie als Forstschädling.