Zwar konnte der Fürstbischof verhindern, dass das Hochstift von der Reformation erfasst wurde, aber weite Teile seiner Diözese gingen der alten Lehre verloren.
Sie wurde nach der Übersiedlung dem Stadthauptmann überlassen, der der weltliche Vertreter des Fürstbischofs bei der Überwachung der Stadtverwaltung war.