Das Wehrstrafgericht sollte nicht verwechselt werden mit den – existierenden – Wehrdienstgerichten (Truppendienstgerichten), die im gerichtlichen Disziplinarverfahren zuständig sind.
Grundsätzlich wurden Vergehen in Zusammenhang mit Homosexualität von den Wehrdisziplinaranwälten und Wehrdienstgerichten rigoroser verfolgt als von den zivilen Staatsanwaltschaften und Strafgerichten.
Die 12 Vorsitzenden Richter an den Wehrdienstgerichten beschäftigen sich mit den Disziplinar- und Beschwerdeangelegenheiten der Truppe und sind in der Regel ehemalige Rechtslehrer und Rechtsberater der Bundeswehr.
Beide Maßnahmen können als gerichtliche Disziplinarmaßnahmen nur durch ein Wehrdienstgericht, in der Regel das erstinstanzliche Truppendienstgericht, verhängt werden und haben ein dreijähriges Beförderungsverbot zur Folge.
Zur Rechtspflege der Bundeswehr gehören die Rechtsberater, Rechtslehrer in den Streitkräften, die Wehrdisziplinaranwälte und die Richter an den Wehrdienstgerichten.