Die vielfache Bevormundung und die teils handgreiflich ausgetragenen Glaubensstreitigkeiten innerhalb des Konvents führten dazu, dass das Kloster 1564 ohne offizielle Aufhebung erlosch.
Mit der Befreiung der Wissenschaft von kirchlicher Bevormundung konnte sich die historische Erforschung der Religionen, zunächst vor allem des Christentums entfalten.
Den Missionaren wird dabei vor allem Paternalismus (Bevormundung, Ergreifung geistiger „Herrschaft“) und Ethnozid (Unterwanderung und Auslöschung der spirituellen Grundlage traditioneller Kulturen) vorgeworfen.