Respecto de este punto, existe una controversia entre neutralistas y seleccionistas, centrada en la diferente interpretación del polimorfismo proteico, sus bases y consecuencias.
Otro de los fenómenos esgrimidos por los neutralistas para defender su propuesta es la constancia del ritmo de cambio genético experimentado a lo largo de las generaciones.
Los neutralistas propusieron usar la acumulación de cambios en las secuencias de aminoácidos de ciertas proteínas como un reloj molecular de la evolución.
El polimorfismo proteico es interpretado por los neutralistas, como el resultado de la interacción entre el aporte mutacional y la eliminación al azar.