Luego de un período de exposición al sol, los frutos se escarifican mecánicamente por frotación con arena, lija o esmeril con el objeto de eliminar la cubierta externa.
Otro procedimiento recomendable es el almacenaje en lugares fríos y secos y el posterior remojo de las semillas ya escarificadas, en agua durante 48 horas a temperatura ambiente.
Además, la quinua desaponificada, ya sea por vía húmeda o por escarificado no puede usarse como semilla, pues pierde rápidamente su poder y energía germinativa.