À minuit, le navire sur lequel se trouve l'empereur quitte les festivités en empruntant un canal qui rejoint le Tibre qui pourrait correspondre au canal de drainage de la naumachie.
À ce sujet, on peut citer une plaque de marbre (près de la porte sud) représentant une naumachie et deux sarcophages du I siècle qui - jusqu'en 1966 - étaient à l'intérieur.
Souvent, au dix-neuvième siècle, les euripes ont été confondus avec les alimentations en eau de remplissage du cirque, afin de créer des spectacles de naumachie.
Ce changement pourrait être une trace laissée par l'ancienne naumachie réaménagée, les édifices construits par-dessus et tout autour conservant l'orientation générale du monument.
Dans les provinces, l'influence des naumachies romaines est essentiellement perceptible à travers quelques joutes nautiques locales, parfaitement inoffensives.
