Da der Fluss auf mehreren Abschnitten Zentren des Bergbaus sowie der Schwer- und chemischen Industrie durchfließt, ist sein Wasser teils stark schadstoffbelastet.
Der See enthält schadstoffbelastete Sedimente, der Untergrund besteht aus ein bis zwei Meter starken Torfschichten, bis zu 14 Meter mächtigen Mudden, Aufschüttungsmaterialen, Sand und Kies.
Ab den 1930er Jahren diente der Schleichgraben vor allem dem Abtransport von durch das ehemalige Lautawerk schadstoffbelastetem phenolhaltigen Grundwasser.
Hierfür wurden in Höhenkirchen zusätzliche Pavillons aufgestellt, die allerdings ebenfalls von Anfang an schadstoffbelastet waren und nach einem Jahr Nutzung gesperrt werden mussten.
Einige Geobacter-Stämme sind durch ihre Fähigkeit, aromatische Verbindungen wie Toluol abzubauen, für die Reinigung von schadstoffbelasteten Böden und Grundwässern bedeutend.