Die Zentralabteilung war für die Steuerung des Dienstbetriebes, Angelegenheiten des militärischen Melde- und Berichtswesens sowie die Öffentlichkeitsarbeit des Amtes zuständig.
Die Zentralabteilung, der militärische Stab, die Krankenhausapotheke, die Pflegedienstleitung sowie der Servicebereich Krankenhausverwaltung unterstützen die medizinischen Fachabteilungen.
Dem Leiter der Agentur unterstehen mehrere Zentralabteilungen, die u. a. für interne Audits, Personal- und Rechtsfragen, internationale Beziehungen usw. zuständig sind.
Diesem unterstanden mehrere Zentralabteilungen, die u. a. für interne Audits, Personal- und Rechtsfragen, organisatorische Angelegenheiten, internationale Beziehungen usw. zuständig waren.