Neben den zahlreichen Erdkröten und anderen Froschlurchen kommen hier weitere kleinere Tiere wie die Zauneidechse, die Waldmaus sowie zahlreiche Fledermäuse vor.
Weitere Nagetiere auf dem Pfaffenstein sind diverse Mäusearten (Brandmaus, Gelbhalsmaus, Waldmaus, Schermaus, Feldmaus, Erdmaus, Rötelmaus) und Eichhörnchen.