Während des folgenden indonesischen Unabhängigkeitskampfes gab es ein bitteres Zerwürfnis zwischen pro-indonesischen Unitariern und denjenigen, die einen niederländischen Bundesstaat favorisierten.
Anders die radikal-reformatorischen Unitarier, die sich in dem 1605 erstmals erschienenen Rakauer Katechismus für den freien Willen und gegen die Erbsünde aussprachen.
Dem hielten die Unitarier die Auffassung entgegen, dass wegen der geringen Einwohnerzahl und Bevölkerungsdichte nur durch einen straffen Zentralstaat ein stabiles Staatsgebilde möglich sei.