Die atypische Pneumonie ist charakterisiert durch schleichenden Beginn, Husten, geringere Atemnot, wenig und meist klaren Auswurf, Kopf- und Gliederschmerzen, geringes Fieber.
Darunter fallen zum Beispiel eine Harnwegsinfektion, die Septikämie, die Pneumonie, eine Mittelohrentzündung, die Endokarditis oder auch eine Bronchitis.
Atypische Pneumonien neigen dazu, auch mit Komplikationen an anderen Organsystemen einherzugehen, beispielsweise mit Herzproblemen oder Störungen der Darmfunktion.
Der weitere Ablauf der Entstehung beatmungsassoziierter Pneumonien führt über das Eindringen der Erreger in den Bronchialbaum zunächst zu einer tracheobronchialen Besiedlung.