1993 war das Güteraufkommen auf dem verbliebenen Teilstück auf insgesamt 300 Tonnen gesunken, was die Einstellung des Güterverkehrs im Folgejahr bewirkte.
Die Strecke wurde in unterschiedlichen Abschnitten geschlossen, weil sowohl das Fahrgast- als auch das Güteraufkommen einen Weiterbetrieb der Strecke nicht rechtfertigte.
Da die drei Fähren wegen des fortwährenden Anstiegs der Passagier- und Güteraufkommen nicht ausreichten, wurde die Flotte entsprechend erweitert und modernisiert.
Das Bundeswehrdepot wurde ab 1996 verkleinert, 2002 zum reinen Verwahrlager und 2010 vollends aufgegeben, so dass dessen Güteraufkommen erst rückläufig war und dann ganz entfiel.
