Besagte Lazarettnutzungen sowie der Mangel an Lehrpersonal und der häufiger werdende Fliegeralarm führten so auch immer mehr zu Störungen des Schulunterrichts.
Während dieser Zeit wurde regulär Unterricht abgehalten; bei Fliegeralarm begaben sich die Studenten in Luftschutzbunker, wo die Veranstaltungen nahtlos weiterliefen.
Das Modell der klassischen Konditionierung ist noch erweitert worden, nachdem festgestellt wurde, dass allein die Vorstellung des Ertönens des Fliegeralarms zu Angstzuständen führte.
Da die Freiburger Flugwache im Hildaturm auf dem Lorettoberg die Flugzeuge als deutsche identifizierte, wurde erst nach Beginn der Bombardierung Fliegeralarm ausgelöst.