Wieder war ein Schisma die Folge, in dessen Verlauf es zu kriegerischen Auseinandersetzungen zwischen den beiden Kandidaten um die Besitzungen des Erzstifts kam.
Im Ergebnis regierten von 1513 bis 1631 Mitglieder der Hohenzollerndynastie das Erzstift an der Mittelelbe und bereiteten damit seine 1648/1680 erfolgte Eingliederung vor.
Die letzten (protestantischen) Erzbischöfe bemühten sich jedoch meist erfolgreich darum, das Erzstift aus den kriegerischen Auseinandersetzungen herauszuhalten.