Der Kopf der Wirbeltiere ist eine evolutionäre Neuerung gegenüber den schädellosen Chordatieren, nur sein hinterster Abschnitt leitet sich von den vordersten Rumpfsegmenten ab.
In dieser lässt sich die Schilddrüse auf das bei den basalen Chordatieren vorhandene Endostyl zurückführen, bei anderen wirbellosen Tieren sind keine homologen Strukturen vorhanden.
In den letzten Jahren gerieten Schleimaale in den Fokus des Interesses für genetische Analysen, welche die Verwandtschaften unter Chordatieren untersuchen.
Neuere Untersuchungen haben jedoch gezeigt, dass die Conodonten zu den Chordatieren zu rechnen sind, was eine nähere Verwandtschaft zu den Pfeilwürmern ausschließt.