Das wichtigste Komplikationsrisiko ist das einer Aspirationspneumonie, die vor allem bei fehlendem Schutz der Atemwege oder bei Ingestion von Kohlenwasserstoffen droht.
Die meisten Tiere mit einem angeborenen Megaösophagus, der sich nicht spontan zurückbildet, sterben schließlich an einer akuten Aspirationspneumonie oder an einer Lungenfibrose infolge von häufigen Aspirationspneumonien.
Demzufolge kann sich eine Aspirationspneumonie entwickeln, die bei Schlaganfallpatienten z. B. für 20 % der Todesfälle im ersten Erkrankungsjahr verantwortlich ist.
Hauptsächlich durch die nächtlichen Regurgitationen kann es zur Entwicklung einer Aspirationspneumonie kommen, wenn Speisereste in die Atemwege gelangen.
Prädisponierend für die Entstehung einer Lungengrangrän sind wiederholte Aspirationen bzw. eine Aspirationspneumonie sowie ein geschwächtes Immunsystem.