Was der Mensch durch die Einkörperung vergessen hat (Leib-Seele-Problem), kann er mit Hilfe von Sinneswahrnehmungen und Gesprächen und durch die Anleitung eines Lehrers wiedererlangen.
Müllers besondere Interessen galten dem Leib-Seele-Problem und der Psychologie der Wahrnehmung unter besonderer Berücksichtigung gestaltpsychologischer Ansätze.
Thematische Schwerpunkte des Briefes an Forel sind also zwei klassische Fragen der Philosophie und der Religion: das Leib-Seele-Problem und die Gottesbeweise.
In der Philosophie des Geistes besteht das Kernthema im Leib-Seele-Problem, die Frage lautet, wie sich die mentalen Zustände zu den physischen Zuständen verhalten.
Aus der Existenz dieser „Systemzustände“ kann aber keine Aussage über das Leib-Seele-Problem, also ob das Bewusstsein ausschließlich eine Folge neuronaler Prozesse ist oder auch unabhängig vom Gehirn existiert, abgeleitet werden.
Es besteht auch heute noch in der Medizin eine Konkurrenz verschiedener Theorien, die sich aus dem dialektisch seit über 2000 Jahren ungeklärten Leib-Seele-Problem ergibt.
Weitere Schwerpunkte seiner breit gefächerten wissenschaftlichen Tätigkeit sind organische Psychosen, Schizophrenie, Organisation und Probleme psychiatrischer Versorgungseinrichtungen, Rehabilitation psychisch Kranker, Kunst psychisch Kranker, Leib-Seele-Problem.
In seinen Büchern hat er sich mit unterschiedlichen Themen beschäftigt, beispielsweise mit dem Leib-Seele-Problem, dem Sinn des Lebens, der Kritik der Arbeit und der Kapitalismuskritik.
