Den Tag verbringt das Flughörnchen in Baumhöhlen und hohlen Bäumen, während es nachts auf Nahrungssuche geht, wobei es sich vor allem von Früchten, auch angebauten Früchten, ernährt.
Gleitbeutler und Flughörnchen zeigen ähnliche Anpassungen an ihren Lebensraum auf Bäumen, und der australische Ameisenbeutler und die südamerikanischen Ameisenbären, die ähnliche Körpermerkmale aufweisen, sind grabende Insektivoren.
Auffällig ist, dass nur wenige Knochenreste von Hirschen und Wildschweinen darunter sind, hingegen viele Überreste von Flughörnchen, Vögeln, Hasen und anderen Kleintieren, dazu eine Vielzahl unterschiedlicher Fischarten.
Da heute noch lebende Flughörnchen keinen Winterschlaf halten und nur begrenzte Futtervorräte anlegen, lässt dies auf frostfreie Winter und auf ein regenreiches, warmes Klima schließen.
