Comme tous les cormorans, le cormoran huppé est une espèce strictement zoophage : de nombreuses espèces de poissons et d'invertébrés marins figurent à son régime alimentaire.
Ces organismes bioconstructeurs fournissent des habitats et abris supplémentaires pour les poissons et divers invertébrés à une profondeur où les coraux ne pourraient le faire.