Die bei der Wiederaufarbeitung entstehenden hochradioaktiven Abfälle werden (nach Zwischenlagerung in flüssiger Form) in einer Verglasungsanlage für die Zwischen- bzw. Endlagerung vorbereitet.
Die Wiederaufarbeitung von Kernbrennstoffen wurde den Kraftwerksbetreibern bis 2005 gestattet, anschließend sollten abgebrannte Brennelemente jedoch direkt endgelagert werden.
Für einen geschlossenen Brennstoffkreislauf und eine weitgehende Brennstoff- und Brutstoffausnutzung wäre zudem eine Wiederaufarbeitung erforderlich gewesen.
Die rot-grüne Koalition (1998–2005) war grundsätzlich gegen die Wiederaufarbeitung ("Plutoniumwirtschaft"); sie drängte die Atomkonzerne zu einem Verzicht darauf.