1529 schloss sich Weesen der Reformation an, musste aber nach den Kappelerkriegen 1531 den katholischen Glauben wieder einführen und verlor seine politische Autonomie bis 1564.
Nach der Reformation um 1540 wurde es überwiegend von Calvinisten und einer katholischen Minderheit bewohnt, hatte jedoch für keine der Konfessionen eine Kirche.
In der Zeit vor der Reformation verfolgten die Gläubigen den Gottesdienst stehend im Kirchenschiff, der Altarraum war ausschließlich den Priestern vorbehalten.